También es el club de fútbol alemán que ha conquistado más campeonatos internacionales: catorce trofeos. Desde el principio de la Regionalliga en 1994, el equipo jugó en la Regionalliga Süd, después de jugar en la Oberliga desde 1978. Actualmente el filial juega en la Regionalliga Bayern, una de las cinco ligas que componen la Regionalliga, el cuarto nivel del fútbol alemán. El Bayern siempre ha contado con una buena cantera de jugadores, y es que la senda la han marcado algunas leyendas del club como Franz Beckenbauer, Sepp Maier, Philipp Lahm, Thomas Müller, Bastian Schweinsteiger, entre otros.
